亨利去世后,他的儿子爱德华六世于主后一五四七年登位,年仅十岁,由他的舅父作摄政辅助他。他的舅父索美塞特公爵(Duke of Somerset)是一位力主改革的人,因此掌权后便大事改革,请求国会将亨利的叛国法令《六条信仰原则》撤消,并准许平信徒在领圣餐时持杯而饮,他又要求国会准许圣品人员结婚,并制定新的崇拜仪式,要全国教会遵守。又由克蓝麦编订《公祷书》,给所有教会使用。
面对分离主义的势力扩大,伊利沙白女王立刻向他们施压力。她为人惠特吉夫(John Whitgift)为坎特伯里大主教(Archbishop of Canterbury)。惠特吉夫对于清教徒主义,特别是分离主义,非常憎恶,因此不用女王催促,他也不遗余力地压迫清教徒。他设立了一个近乎是异端裁判所的特委法庭,检查圣公会内牧师及信徒的信仰,结果很多支持清教徒主义的人受到严重的处分,而二百多名牧师被他停职查办。对于清教徒的领袖,他的压迫及厉害,卡特赖特与几位分离主义的领袖如巴鲁(Barrow),格林伍德(Greenwood)等便是死于他手中的。到一五九三年,形势更加恶劣,女王颁下御令,凡那些不出席国家教会的崇拜而到一些私自聚集的地方崇拜,一经查出,便要被赶出英国,假若他们潜返而被 b u,则可判处死刑。为了使全国教会统一于她的领导下,伊利沙白不惜用最严厉的手法。然而,奇怪的是,压迫越大,清教徒却越发增加;不单如此,清教徒主义的支持者在国会的数目也越来越多,造成日后清教徒主义与国会有很密切的关系。同时,流亡海外的清教徒在欧洲建立起重要的据点(特别是荷兰),在那里发展得非常快。主后一六O七年一批清教徒乘着"五月花号",在约翰·罗宾逊(John Robinson)的领导下从英国的一个港口出发,到新大陆去寻找他们的宗教自由。跟着,便越来越多清教徒到新大陆去,美国的建国与这批移民有很大的关系。